Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
HemTeknik & MiljöEntreprenörskapPrisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

Vad gör du om du ställs inför ett etiskt dilemma i jobbet?

0
I jobbet som ingenjör kan det uppstå en konflikt mellan kravet och den egna övertygelsen.  Vad är rätt och vad är fel?  Kanske ett dokument från 1929 kan hjälpa till att ge svaret.

Ingenjörerna som tillverkar vapnen som ska stoppa Putin

0
Hur är det att jobba med produkter som å ena sidan används för att försvara länders självständighet, men som å andra sidan kan döda? Ingenjören ställde frågan till två ingenjörer på BAE Systems.

Hur länge måste jag stanna innan jag byter jobb?

0
Hur länge bör man stanna på ett jobb innan man går vidare till nästa? Karriärcoachen tipsar om hur du bör tänka.

Här finns ingenjörernas mest jämställda chefslöner

0
Många ingenjörer blir chefer och det är inom privat sektor som cheferna tjänar mest. Men där finns ett lönegap mellan könen. I en annan sektor är chefslönerna för ingenjörer helt jämställda.  

Har du gjort en livsnjutarplan över vad som är viktigast i ditt liv?

0
Karriärplanering har du säkert koll på. Men allt annat som är viktigt i livet, hur får du tid och energi till det? Testa att göra en livsnjutarplan där du sätter dina prioriteringar på pränt.

Får man komma med shorts till jobbet?

0
Varma sommardagar är det lockande att komma med shorts och sandaler till jobbet. Men hur lättklädd får man egentligen vara på jobbet? Juristen reder ut vad som gäller.

Se MIT-studenterna dansa

0
I USA är det naturligt att kreativa ämnen ingår i ingenjörsutbildningarna, som dans till exempel. 

Ger din chef dig ont i magen?

0
Var tredje svensk uppger att de har en destruktiv chef. En ny bok ger konkreta förslag på hur du hanterar en sådan situation.

”Så här fick vi vårt första ingenjörsjobb”

0
För nyexade finns många andra vägar än platsannonser till det första jobbet. Ingenjören frågade sex ingenjörer hur de fick sitt första jobb efter examen.

Hur gör du för att inte jobba över?

0
Som ingenjör kan det vara svårt att sätta gränser för sin arbetstid. Här är ingenjörernas egna tips på hur de undviker att jobba över när arbetsbelastningen är hög.

INGENJÖRSKARRIÄR

VI REKOMMENDERAR

Undvik ingenjörernas vanligaste cv-missar

0
Ett cv ska vara tydligt och visa vad du har för kompetens och erfarenhet. Visst är det bra att sticka ut men passa dig för att tappa trovärdighet. Här är nio vanliga misstag – och hur du undviker dem.