Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
HemIngenjörenPrisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

Spårar virus via avloppsvattnet

0
Influensa, apkoppor och hepatit, det är inte bara covid-virus som forskarna kan spåra i avloppsvattnet. Bakom analysmetoden står forskare från KTH.

Välj din chef – så synar du ledarskapet när du byter jobb

0
Din chef spelar stor roll – för dina prestationer, din utveckling och ditt mående. Därför bör du välja nästa chef med omsorg. Så här kan du gå till väga för att ta referenser på chefen.

Nyexade byggingenjörens dagbok: ”Kollegornas stöd är tryggt när man är ny i branschen”

0
I våras blev Emin Hogic högskoleingenjör i byggteknik vid Lunds tekniska högskola, campus Helsingborg och nu är han projektör på Sweco. Här är hans dagbok från en vecka på jobbet.
Luleå och Stockholm

Så skiljer ingenjörers löner mellan länen

5
Medellönen högst i Stockholm, följt av Halland för civilingenjörer och Blekinge för högskoleingenjörer.
Jonas Hylén

Förtroendevald på Siemens: ”Är lite som en präst eller diakon”

0
Under 25 år i Akademikernas styrelse på Siemens har Jonas Hylén hjälpt medlemmar som riskerat att förlora jobbet och mött engelsmän som är chockade att ingenjörer har ett fack.    

Låga ingenjörslöner oroar inte industrijättarna i norr

0
Ingenjörer i södra Sverige har högre lön än ingenjörer i norr. Men för industrijättarna i norr verkar lönenivåerna inte vara något hinder för rekrytering.

Förstärkt lönesamtal kan lösa konflikter kring lön

1
Ibland slutar lönesamtalet med att man känner sig orättvist bedömd. Inom industrin finns då möjligheten till ett förstärkt lönesamtal med lokala facket som stöd.

Global portal öppnar nya vägar till utlandsjobben

0
Sugen på ett nytt jobb, men vill inte flytta? Nu startar Remote en jobbförmedling för distansjobb, med hela världen som arbetsplats.

Hon läste teknisk fysik och blev börs-vd

0
Charlotte Eriksson är civilingenjör i teknisk fysik och vd på Softronic. Här berättar hon om en omtumlande händelse på jobbet för ett år sedan och varför hon la ner sin sångkarriär.

Alkohol på julfesten? Så hittar du balansen mellan fest och fylla

0
Att jobbet bjuder på alkohol i samband julfiranden är idag närmast självklart – och är oftast inget problem. Men det kan ändå vara bra att tänka till. Här är sex tips inför julens firanden.

INGENJÖRSKARRIÄR

VI REKOMMENDERAR

Hur kallt får det egentligen vara på kontoret?

0
Kyliga kontor gör inte bara att vi fryser, det sänker också vår koncentrationsförmåga och kan påverka hälsan. Så hur kallt får det egentligen vara på kontoret?