Medlemstidning för Sveriges Ingenjörer
HemTeknik & MiljöEntreprenörskapPrisad för proteinförutsägelser

Prisad för proteinförutsägelser

Simon Forsberg var en av två unga forskare som fick Anders Walls stiftelses stipendium. Foto Exray

I fredags fick Simon Forsberg, en civilingenjörsstudent i Uppsala, ta emot Anders Walls stipendium till unga forskare på 150 000 kronor. Han fick det för en datormodell som förutsäger hur proteiner reagerar med varandra.

Simon Forsberg studerar till civilingenjör inom molekylär bioteknik med inriktning mot bioinformatik. Och inom bioinformatik är kvalitet tätt förknippat med kvantitet. För att kunna bygga bra modeller krävs stora mängder data, så när Simon och hans unga forskarlag inom Uppsala Naturvetenskapliga Förening skulle skapa ett modellverktyg för hur proteiner fungerar tog de först en tur i cyberrymden – på jakt efter data.

– Vi trålade internet för alla data vi kunde hitta. Vi kollade i databaser som samlar kända proteininteraktioner som hittats i olika studier. Vi har bara tagit med resultat som har identifierats av flera olika metoder, säger Simon Forsberg.

De tog reda på var alla dessa proteiner finns i cellerna och vilka fysiska egenskaper de har. Utifrån det kunde de bygga en modell som med 95 procents sannolikhet kan förutsäga hur olika proteiner reagerar med varandra vid kontakt.

Användningsområdet för en sådan modell är enormt. Forskare som hittar nya protein kan få en första idé om vad proteinet kan tänkas göra och vilka andra proteiner det kan tänkas interagera med. Det ger en hyfsad idé om det nya proteinets faktiska funktion. Läkemedelsföretag som utformar en ny verksam substans kan se hur den kommer att binda till andra proteiner.

Noggrannheten i modellen kommer dessutom sannolikt att öka.

– Ju mer experimentell data vi får, desto bättre blir den. Jag håller på och jobbar med den själv just nu. De här databaserna uppdateras hela tiden. Vi har diskuterat att göra en webbtjänst av modellen, men det kräver att någon jobbar med sajten.

Simon driver redan ett företag där han skriver program för forskare. Han har utvecklat ett program som jämför normala och muterade proteiner och på så sätt förutsäger effekter av en viss mutation.

Pengarna från stipendiet har han i första hand tänkt att använda för att resa till forskningskonferenser och till andra universitet. I sommar reser han till Oxford i sex veckor, där han ska gå i sommarskola i beräkningsteori för bioinformatik.

Bioinformatik är ungt ämne, men Simon poängterar att sekvenseringstekniken går framåt i rasande tempo. Det blir allt enklare att läsa människors arvsmassa. Det kommer att göras allt mer inom både forskningen och på sjukhus. Då ökar behovet av bioinformatik.

– Hela det här området, life science, går mot att man producerar kopiösa mängder data, säger Simon Forsberg. Jag tror att det finns en marknad för bioinformatikföretag.

Sture Henckel

LÄMNA EN KOMMENTAR

Please enter your comment!
Please enter your name here

SENASTE NYTT

20 år gammalt exjobb gav alternativa Nobelpriset

0
När Magnus Gens gjorde sitt exjobb på KTH valde han att bygga en testdocka för älgolyckor. Nu, drygt 20 år senare, vinner han årets IG Nobelpris i säkerhetsteknik.
Lönebesked

Vad händer med komp och semester när jag byter jobb?

0
Du har hittat ett nytt jobb och ska säga upp dig. Men vad händer med komp och semester som du har sparat? Här svarar Viktor Rosencrantz, ombudsman på Sveriges Ingenjörer.  

Vad är annorlunda med att vara chef i Sverige?

0
Hur upplever chefer från andra länder att det är att vara chef i Sverige? Så här svarar en ledarskapsexpert och fyra utländska ingenjörer som är chefer i Sverige.

Så här förbereder Chalmers för yrkesverksamma

0
Det nya omställningsstudiestödet ska göra det lättare för yrkesverksamma att bygga på sin kompetens. Men hur redo är högskolorna för detta?

Andreas ansvarar för beräkningarna av Nordens högsta hus

0
Karlatornet i Göteborg blir Nordens högsta byggnad och ska stå klar om två år. Ansvarig för beräkningarna av det komplicerade konstruktionsarbetet är civilingenjören Andreas Lindelöf, 34 år.  

Stressen ökar på Chalmers: ”Det märks att vi är färre”

0
Neddragningarna på Chalmers har fått konsekvenser för medarbetarnas arbetsmiljö. Facket får nu signaler om att arbetsbelastningen ökar och stressnivån blivit högre för de anställda.

Tre ingenjörer: Så blev vi egenkonsulter

0
Friheten att välja uppdrag att kunna styra över sin tid är två goda skäl att bli egenkonsult. Ingenjörerna Martin Lindahl, Tommy Oldebäck och Jerker Bergström delar med sig av sina erfarenheter.
Ingenjörsfullmäktige 2022

Lång debatt om kortad arbetstid

1
Hur radikalt ska Sveriges Ingenjörer vara i kraven på kortad arbetstid? På Ingenjörsfullmäktige blev det lång debatt om det, om lön och om matte i skolan.

More information for members in English

0
The annual congress of The Swedish Association of Graduate Engineers has decided to translate more information material for the members into English.
KTH

Färre tog ingenjörsexamen förra året

0
Nästan exakt 500 personer färre tog en ingenjörsexamen under det gångna läsåret jämfört med året före. Ändå var det många: 5 000 fler än i slutet av 1970-talet och 2 000 fler än i mitten av 1990-talet.

INGENJÖRSKARRIÄR

VI REKOMMENDERAR

Kan jag bli tvingad att ta semester i jul?

1
Kan konsultföretag verkligen tvinga sina medarbetare att ta ut semester till jul? Ombudsmannen reder ut frågan.